En Europa el proceso había sido similar al americano. Los jesuitas europeos focalizaron su esfuerzo principalmente en la educación. Con su habitual eficiencia, al poco tiempo eran respetados en las principales universidades europeas.
Fue así como se hicieron cargo de la educación de la mayoría de los nobles de Europa y no se les hizo difícil acceder a las cortes, donde se convirtieron en los más prestigiosos asesores de los reyes. Esto les generó a los jesuitas sus peores enemigos dentro de la desplazada clase política europea. Como ejemplo concreto de esta enemistad, rescatamos la figura del Marqués de Pombal, miembro de la corte portuguesa. Desplazado por los jesuitas de su lugar privilegiado en la corte portuguesa, este noble decidió llevar su venganza hasta las últimas consecuencias. Conspiró, mintió, hizo alianzas secretas e inventó supuestos atentados de los jesuitas contra los nobles que se les oponían. Al fin logró su cometido y al promediar el siglo XVIII, los jesuitas fueron expulsados de Portugal y luego de las misiones que tenian en America, el resto del Mundo.

Dentro de las preocupaciones pragmáticas de Pombal, la reforma buscaba volver a colocar a Portugal en una posición digna dentro del mundo civilizado y bien educado de Europa, posición de la que se había alejado, según creían los pombalinos, a causa del predominio de la escolástica jesuítica. La civilización eran las ciencias y sus aplicaciones prácticas. En consecuencia, la reforma pretendió introducir nuevas materias, o reformar el contenido y el método de enseñanza de materias antiguas

Su pensamiento ilustrado, la ideología enciclopedista y la difícil situación económica del reino le empujan a emprender un amplio programa de reformas, intentando reforzar el papel de la monarquía. En materia económica, promueve el proteccionismo e intenta proteger los productos portugueses, fomentando la autarquía para evitar la dependencia del exterior. Para ello otorga concesiones y crea compañías comerciales bajo control estatal y con derechos de monopolio. En materia fiscal, emprende una amplia reforma de la Hacienda. La industria, la agricultura y el comercio son actividades en cuyo fomento pone especial interés. Favorece también la Marina y deroga la ley suntuaria. No obstante sus proyectos reformistas, el monopolio del vino provoca un motín popular en su contra, que reprimirá con sumo rigor. El fortalecimiento de la institución monárquica lo hace a costa de los nobles, que resultan perseguidos, encarcelados o ajusticiados, especialmente tras un atentado frustrado contra el rey (1759). En el mismo sentido, es firme defensor del regalismo, lo que lleva a limitar el poder eclesiástico y a intervenir en sus asuntos. En 1759 expulsa a los jesuitas, acusados de oponerse al rey. Tras esto, reorganiza la enseñanza y la seculariza.

Desde el lado portugués y con apoyo británico, el ministro Pombal estimulaba la expansión lusitana en el Río de la Plata. Los portugueses habían aprovechado la indefensión de los indios de las Misiones, luego de la expulsión de los jesuitas, para extender sus posesiones desde el Uruguay al Paraguay. El virrey de Brasil nombró a Bohm inspector general de todas las fuerzas armadas portuguesas, cuyos subordinados habían vencido a las fuerzas españolas de Vértiz en 1774 y 1776, antes de la creación del virreinato. De tal modo, la importante región que el Tratado de París había adjudicado a España fue conquistada íntegramente por los lusitanos.